Dès 1050, aux premiers jours de la sauveté de Nogaro, des marchands (negociatores) y acquittaient un péage (dont, fait rare, les pèlerins étaient exemptés à Manciet). C'est que la ville étant au carrefour des routes d'Auch et Toulouse, de Bayonne et d'Eauze, on devait donc y trouver les produits de toutes les foires : sel de Salies-de-Béarn, harengs, saumons, esturgeons de l'Atlantique, drap, fer et fromage des Pyrénées, huile d'olive, figues, poivre, gingembre, ambre venus du Sud, et les productions locales, vaisselle sans doute, huile de noix, blé, vin surtout. Les habitants reçurent leurs coutumes en 1219.
Ville principale du Bas-Armagnac féodal et ville religieuse, il s'y tint sept conciles provinciaux entre 1061 et 1315. Sa vocation religieuse fut aussi affirmée par la création d'un couvent des Cordeliers en 1250.
Elle fut dotée d'un collège au xvie siècle et fut dévastée en 1569 par les bandes protestantes de Montgomery. L'église fut alors saccagée : un pilier fut renversé, les voûtes détruites et le mobilier pillé.
La ville se releva des dévastations de la guerre civile au cours du xviie siècle. En 1620, un couvent des Capucins y est fondé. Toutefois, le , un tremblement de terre fit s'écrouler l'église du couvent.
Elle fut chef-lieu de district de 1790 à 1795.
En 1829, Nogaro absorbe les communes de Bouyt et Urgosse. Urgosse sera rétablie en tant que commune en 1893.
NOGARO :haut lieu de la course automobile